Dựa vào kiểu khuẩn lạc, hình thái tế bào, kiểu Gram, điều kiện sống, kiểu biến dưỡng, đặc điểm sinh lý sinh hóa của vi sinh vật để phân loại định danh. Các bước tiến hành:
₋ Nuôi cấy trên môi trường chọn lọc trên thạch đĩa
₋ Nhận diện đặc điểm khuẩn lạc điển hình
₋ Nhuộm và đánh giá hình dạng, cách sắp xếp và tính chất bắt màu của vi khuẩn
₋ Thực hiện các thử nghiệm sinh hóa định danh và kỹ thuật kháng sinh đồ
