- Phương pháp nuôi cấy:

+ Phương pháp đổ đĩa (pour plate)

+ Phương pháp đếm khuẩn lạc trên ống thạch

+ Phương pháp cấy bề mặt (spread)

+ Phương pháp MPN (most probable number)

+ Phương pháp màng lọc

+ Phương pháp nuôi cấy kỵ khí

- Phương pháp đếm trực tiếp

- Phương pháp trên cơ sở vật lý:

+ Phương pháp đo mật độ quang