Giới thiệu
Nhóm nghiên cứu Tin sinh học trực thuộc Trung tâm Khoa học Sinh học và Công nghệ Sinh học, được thành lập từ tháng 10 năm 2012. Nhóm là sự liên kết giữa các giảng viên, nghiên cứu viên đến từ các khoa: Công nghệ Thông tin, Toán – Tin học, Sinh học – Công nghệ Sinh học và Phòng thí nghiệm Công nghệ Sinh học Phân tử.
Nhóm tuyển chọn sinh viên từ ba khoa nói trên để thực hiện khóa luận tốt nghiệp cử nhân theo định hướng Tin sinh học, với số lượng trung bình từ 3 đến 5 sinh viên mỗi năm. Ngoài ra, nhóm cũng tiếp nhận từ 1 đến 2 học viên cao học/năm để thực hiện luận văn thạc sĩ.
Mục tiêu và định hướng
- Mở rộng cơ hội hợp tác, đào tạo và nghiên cứu chuyên sâu tại các phòng thí nghiệm quốc tế
- Phát huy thế mạnh sẵn có của Trường Đại học Khoa học Tự nhiên trong các lĩnh vực Công nghệ Thông tin, Toán học và Sinh học nhằm xây dựng hướng nghiên cứu liên ngành Tin sinh học còn mới tại Việt Nam
- Tận dụng nguồn dữ liệu thực nghiệm phong phú trên thế giới để phục vụ nghiên cứu
- Hỗ trợ định hướng thực nghiệm bằng các công cụ tính toán nhằm tiết kiệm thời gian và chi phí
Hướng nghiên cứu chung
Nhóm tập trung nghiên cứu biểu hiện gen và protein thông qua phân tích trình tự. Các nội dung phân tích bao gồm: sử dụng codon, hàm lượng GC, vùng lặp lại, khung đọc mở (ORF), cấu trúc bậc hai RNA… nhằm phục vụ cho các nghiên cứu biểu hiện protein.
Bên cạnh đó, nhóm cũng nghiên cứu khai thác dữ liệu sinh học (data mining), đặc biệt là các trình tự DNA và mRNA như vùng khởi đầu phiên mã (promoter), vùng điều hòa (UTR), vùng mã hóa, cũng như dữ liệu giải trình tự thế hệ mới (NGS – Next Generation Sequencing).
Nhờ tận dụng thế mạnh chuyên môn của các thành viên đến từ nhiều lĩnh vực khác nhau, các nghiên cứu của nhóm đã và đang phát triển, bước đầu đạt được một số kết quả khả quan. Với sự hợp tác liên ngành giữa các khoa Toán – Tin học, Công nghệ Thông tin và Sinh học – Công nghệ Sinh học, nhóm có nhiều lợi thế trong việc triển khai các đề tài và dự án nghiên cứu chuyên sâu.
Nhóm hướng tới việc thúc đẩy sự phát triển của lĩnh vực Tin sinh học tại Việt Nam, gia tăng các ứng dụng trong nghiên cứu sinh học và đời sống.
Hướng nghiên cứu cụ thể
Genomics
- Phân tích dữ liệu giải trình tự gene thế hệ mới (NGS – Next Generation Sequencing) từ các mẫu sinh vật hoặc mẫu môi trường
- Phân tích đặc trưng hệ gene như: các gene kháng kháng sinh, gene độc lực, gene đặc trưng và gene bảo tồn trong các nhóm sinh vật
- Khai thác nguồn gene từ các chủng tự nhiên phục vụ cho nghiên cứu và ứng dụng
- Xây dựng cơ sở dữ liệu gene và protein nhằm hỗ trợ các nghiên cứu sinh học phân tử nói riêng và công nghệ sinh học nói chung
- Phát triển các chương trình tối ưu hóa trình tự gene cho các hệ thống biểu hiện
- Thiết kế và xây dựng các công cụ tin sinh học phù hợp với nhu cầu thực nghiệm cụ thể.
Proteomics
- Dự đoán cấu trúc protein nhằm tạo lập nguồn dữ liệu phục vụ nghiên cứu chức năng và ứng dụng.
- Phân tích đặc tính cấu trúc protein như độ bền, khả năng tiết, độc tính, khả năng sinh đáp ứng miễn dịch,… nhằm hỗ trợ các nghiên cứu như phát triển vaccine và các chế phẩm sinh học.
- Khảo sát tương tác giữa protein với thụ thể hoặc các hợp chất nhỏ để sàng lọc các phân tử có hoạt tính sinh học, phục vụ nghiên cứu thiết kế thuốc và phát triển sản phẩm công nghệ sinh học.