Dựa trên 16S rRNA ribosome, ITS1, ITS4, ITS5 và theo trình tự yêu cầu. Các bước tiến hành phân tích:
– Thiết kế mồi dựa trên vùng trình tự bảo tồn
– Nhân bản đoạn DNA nằm trong vùng cần phân tích bằng kỹ thuật PCR
– Kiểm tra và tinh chế sản phẩm PCR
– Giải trình tự
– Phân tích mức độ tương đồng của đoạn DNA được xác định trình tự với trình tự đã công bố
– Vẽ cây phát sinh loài